مسجر ضرار به دستور خود شخص رسول اعظم اسلام تخریب شد حال زمانی که مقام معظم رهبری در مراسم تنفید رئیس جمهور از این مسجد نام به میان آورد جا دارد اشاره ای به ماجرای آن داشته باشیم :   توطئه مسجد ضرار و تخریب آن به دستور پیامبر اکرم

ابوعامر پدر حنظله، شهید معروف غزوه احد، در دوران جاهلیت تمایلات شدیدی به آیین مسیح پیدا کرده و به مسلک راهبان در آمده بود. با ظهور اسلام و طلوع آن از افق مدینه، اقلیت‌های مذهبی در جامعه جایگاه خود را از دست دادند و ابوعامر که از این موضوع ناراحت شده بود، با منافقان اوس و خزرج همکاری صمیمانه‌ای را آغاز کرد.

به جمعی از آنها پیشنهاد کرد در دهکده قبا مسجدی در برابر مسجد مسلمانان بسازند و آنجا را پایگاهی برای توطئه علیه اسلام قرار دهند. منافقان پیش از حرکت پیامبر به سوی تبوک، اجازه‌ی ساخت این مسجد را از پیامبر خواسته بودند و پیامبر تصمیم نهایی را به پس از مراجعت از سفر موکول کرده بود.
ولی حزب نفاق در غیاب پیامبر مسجد را ساختند و در مسیر بازگشت پیامبر از تبوک به مدینه از او خواستند که با خواندن چند رکعت نماز آنجا را افتتاح کند.

پیامبر با وحی الهی از توطئه منافقین آگاه شد و دانست که مسجد ضرار به منظور ایجاد تفرقه میان مسلمانان ساخته شده است. بنابراین دستور داد مسجد ضرار را با خاک یکسان کنند و تیرهای چوبی‌اش را بسوزانند و به زباله‌دانی تبدیل کنند.
به این ترتیب پایگاه منافقان نابود شد و تنها حامی آنها، عبدالله بن ابّی، نیز دو ماه پس از جنگ تبوک درگذشت.

حال که رهبر انقلاب از بیان داستان مسجد ضرار نام به میان می آورد نخبگان و دلسوزان باید این مسجد را بیابند و آنرا تخریب نمایند مگر امام نفرمود ولایت فقیه همان حکوت رسول الله است.